NieR:Automata Ver1.1a Episode 6

2B, 9S, dan Lily pergi untuk menyiapkan jaringan deteksi dini Mesin. Sementara 9S pergi untuk memecahkan masalah sistem, Lily memberi tahu 2B tentang bagaimana Perlawanan pertama kali bertemu YoRHa. Setelah operasi pendaratan yang gagal hanya menyisakan empat android YoRHa yang masih hidup, dipimpin oleh model No. 2 yang mirip dengan 2B, mereka meminta bantuan kepada Resistance. Pihak Resistance, yang saat itu tidak mengetahui keberadaan YoRHA, tidak mempercayai mereka, namun pemimpin mereka, Rose, setuju untuk bekerja sama. Kelompok gabungan tersebut kemudian menuju lokasi server Machine untuk menghancurkannya. Di tengah perjalanan, Lily terinfeksi oleh virus logika Machine, yang tidak dapat disembuhkan oleh Resistance. No. 2 turun tangan dan meyakinkan tim untuk menaklukkan Lily dan pasukan YoRHA menggunakan vaksin untuk menyembuhkannya. Tim kemudian melanjutkan perjalanan ke server, hanya untuk diserang oleh pasukan Machine yang sangat besar. Sementara server berhasil dihancurkan, mematikan Machine di area tersebut, Lily ditinggalkan sebagai satu-satunya yang selamat, meninggalkan dendam terhadap YoRHA karena menolak mengirim bala bantuan. 2B kemudian bertanya kepada Lily apakah ada kemungkinan ada anggota tim yang selamat dari misi tersebut, namun Lily mengungkapkan keraguannya. Di tempat lain, terungkap bahwa No. 2 masih hidup dan melawan Machines sendirian